公司的合同在相关部门查不到

您提到的公司合同在相关部门查不到，并不直接意味着合同无效。根据一般的合同法律原则，只要合同是双方自愿签订，内容合法，且不存在欺诈、胁迫等情形，那么该合同就是有效的。电子版合同可能在劳动合同备案和社保缴纳系统中可查询，而纸质合同若未进行电子化备案或未缴纳社保则不易查询，但这并不影响其法律效力。法律依据为《中华人民共和国合同法》等相关规定，强调了合同自愿、公平、诚实信用的原则，并未规定合同必须在相关部门备案才有效。
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若想确认公司合同的真实性，您可以：1. 直接与公司联系，要求提供合同原件或复印件，并核对合同上的签名和盖章；2. 若合同涉及劳动权益，可向当地劳动监察部门咨询，了解合同备案情况（尽管纸质合同可能未备案）；3. 在必要时，可聘请律师进行合同审查，通过专业法律意见确认合同真实性。
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从法律角度看，公司应：1. 建立完善的合同管理制度，明确合同签订、审核、备案等流程；2. 确保所有合同均符合法律法规要求，避免违法条款；3. 对重要合同进行电子化备案，便于查询和追溯；4. 定期对合同进行审查和更新，以适应法律法规变化；5. 保留合同原件及相关证据，以备不时之需。